于是出现真假达赖的争执，互相指责对方是假，而自称是真。
准噶尔可汗策妄阿拉布坦跟拉藏汗有亲上加亲的婚姻关系。策妄阿拉布坦是拉藏汗的姐夫，而策妄阿拉布坦的女儿又嫁给拉藏汗的儿子丹衷，小夫妇一直住在伊犁（新疆伊宁）策妄阿拉布坦的王宫。
然而，国家的利益超过一切，策妄阿拉布坦渴望征服西藏，拉藏汗拒绝把达赖六世送给他，使他对自己的阴谋诡计，更不受良心责备。一七一六年，策妄阿拉布坦组织一支八千人的远征军，命他的大将大策零率领，奇袭拉藏汗。这是世界上最勇敢、最困难和时间最长的一次闪电突击。从伊犁到拉萨，航空距离一千九百公里，要越过六千米的天山——比阿尔卑斯山还高二千米，绕过五百公里纵深的塔克拉玛干沙漠，还要攀登七千米的昆仑山，才能爬上世界屋顶的西藏境内，然后又要在一千二百公里不见人烟的冰天雪谷中秘密行军。
大策零这支远征军自一七一六年十月出发，白天潜伏，夜间前进，十个月后，于次年（一七一七）七月，神不知鬼不觉地接近西藏首都拉萨。拉萨附近人烟稠密，既不能杀绝，又无法躲避，大策零对那些惊愕的藏民说，他们是送丹衷夫妇回国省亲的卫队。拉藏汗老了，中国方面一再警告他防备准噶尔汗国的突击，拉藏汗认为这是最幼稚的挑拨离间的手法。现在准噶尔远征军从天而降，攻陷拉藏汗所住的布达拉宫，把拉藏汗杀掉。为了斩草除根，策妄阿拉布坦下令把女婿丹衷也杀掉。西藏于是并入准噶尔汗国版图，策妄阿拉布坦完成了他父亲、叔父、祖父们的伟大心愿。
策妄阿拉布坦在战略上获得成功，但在政
略上他犯了错误，他没有估计到中国对这件事的关切和反应，中国在接到拉萨陷落的报告后，决定用武力干涉。次年（一七一八）清政府正式承认逃到青海的格尔桑嘉穆磋为达赖七世，派遣军队送回西藏。但进入西藏后，在喀刺乌苏河（怒江上游）被大策零击败。
中国当然不会罢休，两年后（一七二○）清政府派出第二次远征军，分三路进攻。驻在外蒙古科布多和巴里坤（新疆巴里坤）的两个兵团，直接攻击天山北路准噶尔汗国本土，使它不能向西藏增援。东路军总司令（定西将军）噶尔弼则由打箭炉（四川康定）西进，北路军总司令（平逆将军）延信，由西宁（青海西宁）穿过唐古拉山（今青海与西藏分界）南下。大策零战败，不得不放弃占领了四年的别人的国土，由原道向国内撤退，但他们已没有来时候旺盛的士气，沿途死伤相继，生还到伊犁（新疆伊宁）的不到一半。
中国远征军进入拉萨，撤销一切国王和一切可汗的称号，又撤销土伯特国号，改称西藏。任命故拉藏汗的一位僚属康济乃，当前藏最高执政官（固山贝子·噶布伦）另一位僚属颇罗乃，当后藏最高执政官（台吉·噶布伦）把喀木（四川省西部及西藏东部）巴塘（四川巴塘）以东，划给四川省。
面积一百六十万平方公里的西藏——包括藏、卫、康，并入清政府中央版图。
三中西部疆土的开拓——青海西藏并入中国后，青海起而反抗中央。青海本是土伯特王国四个地区之一，但它在上世纪（十七）初叶，就被蒙古人的和硕特部侵入，所以在青海广大的高原上，蒙古民族跟西藏民族同样的多。不过他们都是信奉同一喇嘛的虔诚教徒，因此蒙藏之间的感情，十分融洽。
和硕特汗国最伟大的领袖固始汗，进入青海后，很快的就征服了全部土伯特王国。固始汗的后裔分为两支，一支在前藏，一支在青海。在前藏的一支，因拉藏汗被杀而结束。在青海的一支，由他的儿子鄂齐图汗继承，于上世纪（十七）被突厥族的噶尔丹可汗击败并吞。噶尔丹败亡后，青海脱离准噶尔汗国的控制，成为无政府状态，各个部落独立为政，乱糟糟的群